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生命經(jīng)緯

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微生物學(xué)



《PNAS》首次發(fā)現(xiàn),一種專吃病毒為生的微生物

2022-12-29微生物學(xué)


  

在一天之內(nèi),在一個(gè)池塘平靜的水中,一百萬個(gè)病毒顆??赡軙?huì)進(jìn)入一個(gè)以微小毛發(fā)或纖毛而聞名的單細(xì)胞生物,這些毛發(fā)或纖毛推動(dòng)它通過這些水域。在過去的三年里,內(nèi)布拉斯加大學(xué)林肯分校的John DeLong一直忙于發(fā)現(xiàn)一個(gè)潛在的扭轉(zhuǎn)潮流的秘密:這些病毒顆粒不僅是感染源,也是營(yíng)養(yǎng)來源。

DeLong和他的同事們發(fā)現(xiàn)了一種Halteria,一種生活在世界各地淡水中的微小纖毛蟲,可以吞食大量與它們共享水生棲息地的傳染性氯病毒。該團(tuán)隊(duì)的實(shí)驗(yàn)室實(shí)驗(yàn)還首次表明,只含病毒的飲食(該團(tuán)隊(duì)稱之為“virovory”)足以促進(jìn)生物體的生理生長(zhǎng),甚至種群增長(zhǎng)。

氯病毒(Chloroviruses)是內(nèi)布拉斯加州的James Van Etten的一項(xiàng)事業(yè)定義性發(fā)現(xiàn),已知它可以感染微觀綠藻。最終,入侵的氯病毒像氣球一樣擊破了它們的單細(xì)胞宿主,將碳和其他維持生命的元素泄漏到開放水域。這些碳本可以被這些微小生物的捕食者吃掉,卻被其他微生物吸走了——這是一個(gè)微小的、似乎是永久的、殘酷的循環(huán)程序。

內(nèi)布拉斯加州生物科學(xué)副教授DeLong說:“這真的只是把碳留在這種微生物湯層中,防止食草動(dòng)物把能量帶到食物鏈上。”但如果纖毛蟲把這些病毒當(dāng)作晚餐,那么病毒性可能會(huì)抵消已知的病毒延續(xù)的碳循環(huán)。DeLong說,有可能是病毒性正在幫助和教唆性碳從食物鏈的糟粕中逃脫,從而使其具有病毒所抑制的向上流動(dòng)性。

“如果你粗略估計(jì)有多少病毒,有多少纖毛蟲和有多少水,就會(huì)得出大量的能量運(yùn)動(dòng)(在食物鏈上),”DeLong說,他估計(jì)一個(gè)小池塘里的纖毛蟲每天可能會(huì)吃掉10萬億病毒。“如果這種情況以我們認(rèn)為的規(guī)模發(fā)生,它應(yīng)該完全改變我們對(duì)全球碳循環(huán)的看法?!?/p>

DeLong已經(jīng)熟悉了氯病毒在食物網(wǎng)中纏繞自己的方式。2016年,這位生態(tài)學(xué)家與Van Etten和病毒學(xué)家David Dunigan合作,證明了氯病毒只有在微小的甲殼類動(dòng)物吃掉草履蟲并排出新暴露的藻類時(shí),才會(huì)接觸到藻類,而藻類通常被包圍在一種名為草履蟲的纖毛蟲屬中。

這一發(fā)現(xiàn)讓DeLong在思考和研究病毒時(shí)處于“不同的思維空間”??紤]到水中病毒和微生物的絕對(duì)豐富,他認(rèn)為即使不考慮感染,前者有時(shí)也會(huì)進(jìn)入后者是不可避免的。

他說:“很明顯,任何東西都必須一直在他們的嘴里攜帶病毒。這似乎是必然發(fā)生的,因?yàn)樗镉羞@么多?!?/p>

因此,DeLong深入研究了研究文獻(xiàn),試圖找出任何關(guān)于水生生物吃病毒的研究,以及它們吃病毒時(shí)發(fā)生了什么。他幾乎一無所有。20世紀(jì)80年代的一項(xiàng)研究報(bào)告稱,單細(xì)胞原生生物有能力消耗病毒,但沒有進(jìn)一步研究。后來來自瑞士的幾篇論文表明,原生生物似乎在清除廢水中的病毒。

對(duì)微生物本身的潛在后果一無所知,更不用說它們所屬的食物網(wǎng)或生態(tài)系統(tǒng)了。這讓DeLong感到驚訝,因?yàn)樗啦《静粌H是建立在碳上的,也是建立在生命的其他基本元素基礎(chǔ)上的。至少在理論上,它們絕不是垃圾食品?!八鼈兪怯煞浅:玫奈镔|(zhì)組成的:核酸,大量的氮和磷,”他說。“所有的動(dòng)物都應(yīng)該想吃它們。很多東西能抓到什么就吃什么??隙ㄓ腥藢W(xué)會(huì)了如何吃這些真正好的原材料?!?/p>

作為一名生態(tài)學(xué)家,DeLong花了大量時(shí)間用數(shù)學(xué)來描述捕食者-被捕食者的動(dòng)態(tài),他不完全確定如何著手調(diào)查他的假設(shè)。最終,他決定保持簡(jiǎn)單。首先,他需要一些志愿者。他開車到附近的一個(gè)池塘采集了水樣?;氐綄?shí)驗(yàn)室,他把所有他能控制的微生物,無論哪種,都集中到水滴中。最后,他加入了大量的氯病毒。

24小時(shí)后,DeLong會(huì)在水滴中尋找任何物種似乎喜歡與氯病毒在一起的跡象——甚至有一個(gè)物種把這種病毒視為零食而不是威脅。這就是Halteria,他找到了!

“起初,這只是一個(gè)暗示,因?yàn)檫@里有更多的纖毛蟲,”DeLong說。“但后來它們足夠多了,我可以用移液器的尖端抓起一些,把它們放在干凈的液滴中,然后就能數(shù)出來了?!?/p>

在短短兩天內(nèi),氯病毒的數(shù)量銳減了100倍。Halteria的數(shù)量,除了病毒沒有什么可吃的,在同一時(shí)間內(nèi)平均增長(zhǎng)了大約15倍。與此同時(shí),被剝奪了氯病毒的Halteria根本沒有生長(zhǎng)。

為了確認(rèn)Halteria實(shí)際上是在消耗這種病毒,研究小組在將病毒引入纖毛蟲之前,用熒光綠色染料標(biāo)記了一些氯病毒DNA。果不其然,纖毛蟲的胃——它的液泡——很快就發(fā)出了綠色的光。

這是毫無疑問的:纖毛蟲正在吞食病毒。這種病毒維持著它們。

“我打電話給我的合著者:‘它們長(zhǎng)大了!我們做到了!’”DeLong談到這一研究結(jié)果時(shí)說,該研究結(jié)果的詳細(xì)內(nèi)容已發(fā)表在《PNAS》上?!拔液芨吲d能第一次看到如此基礎(chǔ)的發(fā)現(xiàn)。”

DeLong還沒有說完。他理性思考的一面想知道,這種特殊的捕食者-被捕食者的動(dòng)態(tài),雖然看起來很奇怪,但是否與他習(xí)慣研究的更普通的配對(duì)有共同點(diǎn)。

他首先繪制了氯病毒的衰退與Halteria的增長(zhǎng)之間的關(guān)系。DeLong發(fā)現(xiàn),這種關(guān)系基本上符合生態(tài)學(xué)家在其他微觀獵人和他們的獵物之間觀察到的關(guān)系。Halteria還將大約17%的消耗的氯病毒質(zhì)量轉(zhuǎn)化為自己的新質(zhì)量,與草履蟲吃細(xì)菌和毫米長(zhǎng)的甲殼類動(dòng)物吃藻類時(shí)看到的百分比一致。就連纖毛蟲捕食病毒的速度,以及它們大小上大約1萬倍的差異,都與其他水生案例研究相吻合。

DeLong說:“我有動(dòng)力去確定這是否奇怪,或者它是否合適。這并不奇怪。只是沒有人注意到。”

DeLong和他的同事們后來發(fā)現(xiàn)了其他纖毛蟲,像Halteria一樣,只靠吃病毒就能茁壯成長(zhǎng)。他們發(fā)現(xiàn)的越多,就越有可能在野外發(fā)生病毒捕食。這一前景讓生態(tài)學(xué)家充滿了疑問:它是如何塑造食物網(wǎng)的結(jié)構(gòu)的?其中物種的進(jìn)化和多樣性?它們面對(duì)滅絕的韌性?

不過,他還是選擇保持簡(jiǎn)單。一旦內(nèi)布拉斯加州的冬天緩和下來,DeLong就會(huì)返回池塘。

“現(xiàn)在,”他說,“我們必須弄清楚這在自然界中是否成立。”


文章評(píng)論

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